UPTD SMP Negeri 3 Sinjai, yang awalnya bernama SMP Negeri Manipi, didirikan pada tahun 1973. Pendirian sekolah ini merupakan respons terhadap kebutuhan akan lembaga pendidikan menengah pertama di wilayah Manipi dan sekitarnya. SMPN Manipi hadir sebagai tonggak awal dalam upaya mencerdaskan kehidupan bangsa.
Seiring dengan perkembangan zaman dan peningkatan kebutuhan masyarakat akan akses pendidikan yang berkualitas, SMPN Manipi mengalami beberapa kali perubahan nama. Pada tahun 2004, sekolah bertransformasi menjadi SLTP Negeri 1 Sinjai Barat. Perubahan ini sejalan dengan perluasan wilayah pelayanan sekolah dan upaya untuk lebih mengakomodasi kebutuhan masyarakat yang semakin beragam.
Selanjutnya, mengikuti kebijakan pemerintah pusat terkait penataan nomenklatur pendidikan, sekolah kembali berganti nama menjadi SMP Negeri 1 Sinjai Barat. Perubahan ini bertujuan untuk menyelaraskan status dan kedudukan sekolah dengan regulasi yang berlaku.
Pada tahun 2019, dalam rangka optimalisasi pengelolaan pendidikan dan penyesuaian dengan struktur organisasi yang baru, SMP Negeri 1 Sinjai Barat secara resmi bertransformasi menjadi UPTD SMP Negeri 3 Sinjai. Perubahan ini merupakan langkah strategis untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas penyelenggaraan pendidikan di sekolah.